Jonan Fernández ha dejado de ser el coordinador del consejo asesor del Pan de Protección Civil de Euskadi (LABI) en su actividad para controlar la pandemia de la covid. Fernández ejercía la tarea de coordinador del LABI desde comienzos de octubre de 2020 y la ha estado desempeñando hasta principios del mismo mes de este año, cuando se dio por concluida la anterior emergencia sanitaria.
La decisión de dejar este cargo fue adoptada por el lehendakari, Iñigo Urkullu, y el propio Fernández. Desde hace casi dos meses Fernández no ha tenido apariciones públicas vinculadas con la pandemia, ya que toda la gestión pública e interna relacionada con la covid recayó desde principios de octubre en el Departamento de Salud y la consejera, Gotzone Sagardui.
Fernández se ha vuelto a dedicar a su tarea como secretario de Transición Social y Agenda 2030, a los objetivos de desarrollo sostenible y reto demográfico. Las citadas fuentes han precisado que el lehendakari considera que estos dos ámbitos son "prioritarios" para el Gobierno vasco, por lo que deben tener a una persona exclusivamente dedicada a ellos.