Los estudios llevados a cabo en la iglesia de La Magdalena de Tudela han sacado a la luz los problemas que sufre y que serán acometidos. Entre los problemas se encuentran la gravedad del deterioro, no sólo desde la perspectiva de limpieza y consolidación de los grupos escultóricos sino también desde el punto de vista estructural. Por ello se han analizado las deformaciones observadas para corregir, en la medida de lo posible, las causas que han ocasionado dichas patologías en la portada de este monumento.
Las tres partes implicadas en su recuperación, Gobierno, Ayuntamiento y Arzobispado, han acordado firmar un convenio de colaboración para la elaboración del proyecto y para sufragar, a partes iguales, la inversión económica de las obras. Además, la dirección general de Cultura aportará el coste de la redacción del proyecto y la dirección de obra.
Para los estudios, el Servicio de Patrimonio contrató a la empresa Artyco que, bajo la dirección técnica del personal de conservación y restauración de la Institución Príncipe de Viana, elaboró un estudio de patologías y propuestas de intervención. En ese documento se propone un tratamiento de limpieza de la superficie pétrea a base de láser que deberá ser especialmente delicado en las zonas donde se conservan restos pictóricos.
Además, se han encargado dos trabajos digitales. En 2021 se contrató con la empresa FOVEA la realización de una ortofoto que permitiera tener imágenes en alta resolución y este año se ha contratado con el departamento de Ingeniería de la UPNA la digitalización 3D de la portada, así como pruebas de registro de vibraciones en el dintel de la portada para conocer si es sensible al paso de los trenes por la vía más cercana a la ubicación de la iglesia. En este momento se está completando con la toma de datos de vibraciones coincidentes con el paso de aviones del ejército del aire y la magnitud de las mismas.
Medio Ambiente se encargará de la retirada de nidos de golondrinas en la misma fachada, a fin de minimizar el daño que ocasionan al patrimonio histórico y se ha procedido a la instalación de unos sencillos sistemas disuasorios antes del inicio de la temporada de anidación.
Al mismo tiempo se ha realizado un estudio de soleamiento por la arquitecta María del Olmo Íñigo, también por encargo del Servicio de Patrimonio Histórico, que permite conocer la sombra que distintas soluciones arquitectónicas proyectarán sobre la fachada a distintas horas del día. Esta información es extremadamente útil para definir las posibles estructuras protectoras.
Existen planos de la iglesia de la Magdalena de 2015 realizados por el arquitecto Aitor Ramírez Rico, por encargo del Servicio de Patrimonio Histórico. Los planos del proyecto con los resultados de estudios han sido dibujados por Julia Erro Ruiz de Gaona, delineante de la Sección de Patrimonio Arquitectónico. La coordinación de estudios y la dirección de proyecto corre a cargo de Javier Sancho, arquitecto jefe de la Sección de Patrimonio Arquitectónico.